バッハ：ロ短調ミサよりPatrem omnipotentem

なるほど。
>マゼール盤
ということは、マゼール盤は曲によって使い分けているわけですね。
実際の演奏では、全部オルガン、全部チェンバロ、曲によって使い分け、の３パターンあるらしいですが、結局は演奏するほうも聴くほうもお好みでということでいいんでしょうね。
バッハがどちらを想定していたかというと・・・ロ短調ミサの場合はオルガンかな、とは思いますが、このへんは専門の研究者の領域でしょう。

私の好みで言うと、いくつかのアリアはオルガン（コントラバス無し）で聴いてみたかったです。特にDomine Deusはピッチカート指定があるのに長い音符があるので、チェンバロだと音が続かなくなってしまうので。

さて、この法則だと、次はチェンバロですね。
私はオルガン（コントラバスはあったりなかったり）でやりましたが、チェンバロだとどんな感じになるのかな。
歌うのはミクふたり？（ソプラノ１とアルトですから）

>>wawatto さん
「ぽてーんてむ」のところとかですよね。
1パート1人ずつだから目立つのか、もっと調整のやり方があるのかわかりませんけど……

通奏低音は、一応以下のようにしようと思いました。
○アリア・二重唱……鍵盤楽器はチェンバロ
伴奏に弦楽合奏がある場合　→　弦楽合奏二部（チェロ・コントラバスに相当）
伴奏に弦楽合奏がない場合　→　チェロ・コントラバス（1挺ずつ）
○合唱……弦楽合奏二部で、鍵盤楽器はオルガン
大規模な編成でファゴット・パートがないときは＋ファゴット
（例）
Christe eleison　→　弦楽合奏二部、チェンバロ
Quoniam　→　チェロ、コントラバス、チェンバロ
Credo in unum Deum　→　弦楽合奏二部、オルガン
Patrem omnipotentem　→　弦楽合奏二部、ファゴット、オルガン
Qui tollis はチェロが別パートのため、譜面の音をファゴットで、オクターブ下を弦楽合奏で出しました。

鍵盤楽器は知識不足により、譜面どおりの音のみを出していますが、本当は良くないと思います……
チェンバロとオルガンの使い分けは、手元のマゼール盤がこのようになっているため、ならいました。どちらも使っていない曲もありますが……　最終的には「曲の雰囲気」でしょうか（笑）

おぉ、もうできてる！
この曲は音程差の大きい跳躍が多いですが、やはりポルタメントがちょっと気になりますね。

ところで、この曲に限らないことですが、通奏低音の楽器選択は何か参考にしているのでしょうか(CDとか？)。
要するにチェンバロにするかオルガンにするか(あるいはどちらも使わないか)ということですが。