・第一部
(SE：雷鳴＋白のフラッシュ)
・傷ついたあやね(第一部)
・ミクとあやねの対峙(第二部)
・血溜まりに沈む折り鶴(第三部)

幼い日の記憶
（ミクと親友の出会いと約束。この時に親友はアルメリアが好きになる）
（折り紙をあやねの母親から教わる。父へプレゼント）
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それぞれの成長
（一般人としてすごしながらも、父親の後継者として技術を習得していくミクと親友）
（繰り返される訓練にミクの心は疲弊し、ナイフに魅入られてリストカットしかける）
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親友の留学
（果たされた再会、高め合う二人）
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卒業と別れ
（それぞれの進路へ）
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ある時から頻発する失踪事件
（日本では集落一つが、海外では首都一つの人間が消えることもあった）
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二人の共闘
（共に捜査して、解決の糸口を見つける）
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魂の収束の現場を目撃
（戦闘。ミクの犠牲になって親友が致命傷を負うもなんとか捕縛。病室で取り調べの結果を待つ二人）
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日本人の消滅
（報告を受けたと同時、全く日本と連絡が取れなくなる。翌朝、世界中のニュースが日本人の消滅を伝える）
第一部　終了


第二部
日本に到着する二人
（国土はすでに米韓中露の四つ巴状態になっており、首都機能を手に入れるべく、東京は各勢力の衝突する激戦地になっていた）
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研究所へ
（中に侵入し、メインのPCを起動。父親の机の上、昔あやねが折った鶴を見つけ、その裏に書かれたヒントをもとにパスワードを入力。父親の娘に残したメッセージが再生される）
（パスワードは「ayane361105」あやねが父から命令を受けた日付）
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父の言葉
（エーテルの存在と研究。魂の収束、その必要性。世界の危機と腐敗しきった日本の姿。託されたエーテル。後悔の言葉）
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親友の家
（はじかれたように急ぐ親友。郊外だったためか目立った被害もない。家に入っても誰もいない）
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泣き崩れる親友
（跪いたその目の前に会ったアルメリアの花がエーテルの結晶に）
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エーテルを狙う諸勢力
（泳がされていただけの二人。米韓中露が全て対立して銃を向けてくる）
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親友、ミクの二人で全て撃退。
（戦闘シーン。共闘）
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裏切り
（ミクは父の命令でエーテルを回収しようとする。）
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戦闘
（寸分の差と、残弾数の差でミクの勝利）
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ミクは発砲。
（「ごめんね、でも命令だから……」アルメリアの花の中に寝かせる）
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テロップ
（戦場に、今なお建つ家の庭にはアルメリアの花が咲き誇り、決して無粋な兵士に踏みにじられることはない。月の女神と呼ばれた少女が、死した今も花を守っている）
第二部　終了

第三部
ミクの父からの電話。エーテルの回収。
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帰還、報告
（事件の詳細と日本人の消滅の原因、エーテルの効果と親友の殺害）
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父の口から出る真実
（技術提供を行っていたのは「メルクリウス」で、最初からエーテルがメルクリウスに渡ることは決まっていた）
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失望とエーテルの起動
（情けない、やり直したいという思いが「時間遡行」を現象として観測する）
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幼少期、ナイフを持っているミク
（命令に従うだけだった自分。そのトラウマの解消）
（「違う……私は守るために戦うんだ！」）
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第一部の戦闘まで戻る
（親友に致命傷を負わせることなく、全員を捕縛。すぐに日本へ。命令無視）
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研究所に突入
（知っているパスコードを即座に解除し、網膜スキャナーには親友の父親の網膜のダミーを使う）
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娘の姿を認め、思い直す父
（「きっと、私は止めてもらいたかったのだろう……」）
（自供。メルクリウス本部からも遠隔操作できることが判明）
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エーテルによる空間跳躍。
（メルクリウス本部の目の前へ。止められるも無視。鳴る警報）
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突入
（父の執務室へ戦闘しながら突貫）
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ドアを開き、二人で銃を向ける。
（窓の外を眺めている父の背に銃を向ける二人。二人に見えない側の手には折り鶴が）
（しばらくして画面がアルメリアの花弁で埋められ、タイトルロゴ「戦場のアルメリア」）


END